Na década de 70, foi objeto de escavações que deram a conhecer as estruturas do antigo hospital, desenhos de antigos navios nas paredes, moedas, cachimbos de argila, entre outros objetos, o que motivou a recuperação total do mesmo já no início do século XXI.
Depois das obras realizadas pela Câmara Municipal, em parceria com a Direção-geral de Edifícios e Monumentos Nacionais, a Capela foi inaugurada, em 2004, como núcleo museológico, que alberga no seu interior uma valiosa coleção de arte sacra com pinturas e esculturas, da qual se destaca o quadro Nossa Senhora da Misericórdia, atribuído a Gregório Lopes, do século XVI, e que foi submetido a trabalhos de conservação e restauro entre 2014 e 2015, bem como a reconstituição museológica do antigo hospital.
Não faltam, pois, bons motivos para visitar e conhecer este importante núcleo museológico. Hospital Medieval
Na década de 70, a Capela foi objeto de escavações que deram a conhecer as estruturas do antigo hospital medieval. Para além de moedas, cachimbos de argila, entre outros objetos, foram descobertos desenhos de antigas embarcações esboçados a negro no estuque das paredes, testemunhos de grande valor histórico e arqueológico. Todos estes achados motivaram a recuperação total do edifício já no início do século XXI, transformando-o num dos mais bem conservados da Europa.
Nossa Senhora da Misericórdia
Elaborado na primeira metade do século XVI e atribuído ao pintor Gregório Lopes, este quadro assume-se como um importante marco da arte nacional e representa um período de apogeu que também marcava o concelho. A composição apresenta uma policromia rica, surgindo Nossa Senhora da Misericórdia ao centro sobre uma coluna assente nas virtudes eucarísticas, albergando sob o seu manto os vários setores da sociedade quinhentista, espiritual e laica.
São Sebastião
Escultura datada do século XV com influência gótica. Encontrava-se exposta numa pequena capela devocional deste santo, protetor contra as pestes e patrono das profissões castrenses, abandonadas após o século XVIII.
É uma imagem com anatomia delicada e farta cabeleira a envolver o rosto de adolescente. Tem carnação rosada e pequena boca fechada, apresentando no tronco e pernas dez orifícios onde se alojavam setas de prata.
Coroação da Virgem
Pintura a óleo sobre tela pintada elaborada entre 1615-1619 sob o signo da escola portuguesa. É atribuída a Amaro do Vale, que a terá elaborado para uma igreja de Lisboa.
Porém, em 1878-1879 é trazida para a Igreja de Nossa Senhora da Consolação do Castelo.
Demonstra influências italianas, centrando-se o painel na imagem da Virgem envolvida pelas três figuras da santíssima trindade, o Pai, o Filho e o Espírito Santo, por sobre um plano inferior de delicados anjos.
